绍兴三年三月，朝廷下令，命岳飞前往虔州与吉州，镇压两地的农民起义军。
这些起义军的出现，要追溯到建炎二年的秋天，高宗听说金人南侵的军队蠢蠢欲动，似乎又有渡江南下之意，便派遣了上万兵马，护送隆祐太后和后宫妃嬪，携带大量的宫廷用品以及财帛细软等物，从建康先行逃往虔州去避难。
他们出发没有多久，金人的西路大军已从黄州大冶渡过了长江，陆续攻占了江州以至洪州等地。
凡是金人兵马所到之处，总不免要烧杀抢掠一番；至于南宋的官军，除了极少数纪律严明的正规军，有很多都是被招安的流寇，因此所到之处也同样要抢夺财物，掳掠女人，骚扰居民的状况几乎没有差别。
隆祐太后和护送的官军进入吉州太和县境内时，晚上住在景德寺，有一个名叫陈辛的人，带领一万多名愤怒的民眾想要向隆祐太后陈情，申诉她随行的官军掠夺人民财物。想不到太后以为这是一群暴民包围他们，居然命令官军屠杀民眾衝出寺去，最后演变成军民之间剧烈的武装战斗。
由于场面不断扩大，到最后双方的领导者都控制不了局面，上万名的护送兵竟然迅速溃散，各自抢劫了一些财物分逃到各地去当游寇，使附近十几个县内的居民从此无法继续安居乐业，造成虔、吉之间一个很不安定的大祸害。
饱经金人与叛逃禁卫军蹂躪之后，李成、曹成等游寇又进入这个地区，佔据城镇，劫掠乡村，导致许多户口变成空户，良田美宅成为荒地与废墟。可是朝廷的各种苛刻的赋税并未减少，人民生活十分困苦。
建炎四年十二月十五日，虔州县一名乡贡进士李敦仁，与他的弟弟李世雄等人，聚集了虔州县六乡的农民数万人在罗源起事，四出进行攻击，攻占了虔化、石城等四个县。绍兴元年春天，又活动到福建路汀州的寧化、清流两县。到冬天，江西安抚使司派遣郝晸、顏孝恭两名统制带兵前往虔州，以残酷的手段将这支起义军勉强镇压了下去。
过了不久，在虔州的邻境吉州又爆发了以彭友、李满等号称十大王的农民起义，主要活动于江西、湖南两路之内；虔州受到感染，陈颙、鐘超、罗闲十等人相继而起，带领农民十多万人起义。
虔、吉两州介于福建和两广之间，是由江南进入两广的交通孔道。两州的地形充满高山险阻，林木茂盛。赣水正好直接贯穿两州境内，也成为起义军之间互相联系的管道。虔州境内的起义军凭借山形险阻为根据地，又不断向四周地区发展，东部到达福建的汀州和邵武，南部到达广东的循、梅、潮、广、惠、英、韶、南雄各州。
对于游寇猖獗的地区，朝廷都在重要城市设置各路的安抚使，交付给他们调集地方部队、镇压游寇与起义军的职责。然而虔、吉两州正好居于江西、福建、两广三路的交界处，因而成了一个三不管地区。所以南宋朝廷偶或调集军队前往攻打时总是无法保密，在官军未到之前，起义军早就做鸟兽散，化整为零成为一般农民，使官兵无从打起；等到官军退却，起义军便又集结如常。这种情况延续了几年，起义军的力量愈来愈见扩大，中央有些高官甚至认为，从虔州到吉州全境已经是鲜有良民了。
前此派往江西路担任宣諭使的刘大中，派往广东路担任宣諭使的明橐，这时不约而同上奏朝廷，认为岳飞的部队最有纪律，军风最为整肃，所到之处绝对不会骚扰人民，所以往往能够获得居民的欢迎与协助；如果打算彻底扑灭江西境内的各支反抗势力，岳飞绝对是不二人选。
而且从过去岳飞过去的战绩看来，他不但有实力可以扑灭这群叛民，而且镇压成功之后，还可以把其中的优秀人才收编，对他们绳以纪律，训练成精良的队伍，到时候可以用来抗击金入，岂不是一举两得吗？
于是，镇压虔、吉州农民起义军的任务便落到岳飞头上了。
所谓大军未动，粮草先行。岳飞接获命令时，虽然已是三月暮春，士兵的春季制服却还没有着落；二万四千人的日常开销费用不在少数，但也尚未发下。岳飞向南宋朝廷陈报了这些状况，高宗马上下令，命户部马上拨一万五千匹绸布给岳飞，供做军服之用。又下詔给吉州的榷货务，以最快速度拨给他三万贯军费。
军队驻屯不动的时候，粮餉方面即使稍有短缺，尚可将就度日；但是一旦出动踏上征途的时候，粮餉不足便不容易维持全军的纪律，而纪律的整肃却是岳飞最重视的事。岳飞在奏章中也特别提到这个问题，所以朝廷马上下令给江西、广东、湖南三路的转运使，要他们筹措粮餉，尽全力供应岳家军所需。
其实，南宋朝廷成立以来，一直都是风雨飘摇，战事不断，虽然已经尽力横征暴敛，财政还是十分拮据。所以一方面开源节流，一方面严格控制支出的先后顺序。
在上山下海，四处窜逃之后，高宗深深知道目前最需要的就是建立几支强大的武力，足可与金人抗衡，才能维持东南半壁江山的稳固。以目前来说，包括韩世忠、张俊、刘光世与岳飞，这四大武力所需的军费粮餉，都是列为优先供给的项目。
至于个人的待遇，也是一改北宋时期重文轻武的旧例。文官最高阶是正一品宰相，依例应该是一个月领三百贯，但是为体时艰通常只发一百五十到二百贯。但是武将只要升任从二品节度使，一个月便可实领四百贯，而且名下还依照功勋大小，每月发给特别费三千至一万贯，以便因时因地制宜便宜行事，或做为打赏手下或公关之用。
四月初七日，岳飞带着张宪、徐庆、王贵等共一万人马到达吉州。
吉州的龙泉县，有彭友和李满等人号称十大王，他们在县境内的武陵、烈源、陈田三处扎起许多大小营寨，由十大王分别掌管。
彭友听说岳飞带兵来征讨，跟手下重仁说：「大家都说岳飞智勇为天下第一，希望我们共同努力打败他。让天下人知道，连岳飞都败了，其他人能奈我何？」
这话很快便传到岳飞耳中，他听后一笑置之。但是为了避免流血，还是先派了两名说客到彭友营寨去劝降，想不到农民领袖彭友态度坚定地回答说：「请帮我告诉岳承宣使，吾等寧败不肯降！」
岳飞经过观察之后，决定先分化再各个击破。
首先，岳飞带领王贵、张宪等人合力攻占总隘口，切断了起义军所有转往别处的通道。接着便布置好包围圈，再选定目标集中攻击，事先设定每天至少要击破一座营寨。
岳飞之前扫平李成、曹成等游寇的时候，几乎都没有遇到过坚强的抵抗。这次的感受完全不同，在攻击每一座营寨时，都遇到起义军的拼死反抗。有一次在攻打过程中甚至有永新县尹花八等人率领起义群眾三千人，特别从其他地方赶过来一起对付官军。
岳飞终于发现，若使用以前那种以招安为主，尽量不赶尽杀绝的方法，根本遏阻不了起义军；只好硬起心肠，改採屠杀手段来对付。半个月之后，漫山遍谷都是起义军的尸体，起义军大部分的营寨均已击破，彭友也被岳飞的军队所俘获。
最后只剩下李满的大寨，还凭据天险孤伶伶地死守。
所谓李满的营寨，其实就是一个名为「固始洞」的山洞。这个山洞正好位在一个最高最险的地方，悬崖百仞，极难攀登，而且只有一条通道。
固始洞里腹地宽阔，别有洞天。李满的亲信与家眷还在里面积存了许多粮米金帛，是一个很适合死守的地方。
岳飞先令人用巨木做成八座天桥，每天派出一些士兵，试图攀登天桥以攻击山寨。守卫固始洞的起义军为了阻挠官军的进攻计划，根本不让官军接近营寨，纷纷从山上或洞口，把大批的檑木和炮石投掷下来。
双方就这样相持不下，官军虽然天天都企图爬上天桥，却始终无法达到目的。
其实这正是岳飞的计画，人员只要不伤亡，永远都拥有再攻的机会；但是檑木和炮石等防御物品就不一样了，等到洞内囤积全部用光之后，起义军就再也没有任何武器可以阻止官军攀登天桥了。
终于等到了这一天，岳飞便激励兵卒，令先锋部队用前后「靨心」（金属製品，形状有点像小型盾牌）耙山而上，全副武装的士兵紧跟在后一拥而上。固始洞终于被攻破，李满也被官军所俘获。
这时清点人数，才发现洞中聚集的起义军与眷属，男女老幼合计居然达到两万多人，他们事后都被分别遣送回乡去了。
虔州的农民起义军领袖，包括陈颙、鐘超、罗闲十、王彦，还有一个绰号叫做鐘大牙。他们和吉州的起义军本来就互相熟识而且连通一气，因此岳飞把吉州的起义军彻底歼灭的事，他们应该都已经心知肚明。岳飞猜想，他们多多少少应该被官军的实力所慑服，或许可以接受招安吧。
岳非先派人到起义军的各个首领那里去试探他们的想法，结果大大出乎岳飞意料之外，他们没有一个人愿意放弃抵抗。岳飞只好决定还是使用武力解决。
岳飞的军队，很快就在兴国县衣锦乡一带遭遇到起义军。这些起义军虽然充满勇气与热诚，但是完全没有任何的武斗技巧与经验，面对岳家军这种精锐的正规军根本毫无招架之力；起义军大小几百座营寨很轻易就被攻破，首领们也全部被活捉。岳家军却差不多是毫发无伤。
这一次对吉、虔两州农民起义军进行镇压的战役中，因为对手实力太弱，岳飞很少亲自出手，正好用来训练部将。除了前军统制张宪，中军统制王贵之外，李逵转世的徐庆由于个性直率，没有心机，经常都把农民们被逼反的心情直接说出来，希望大家对他捫手下留情，所以连敌方也尊重他，要归降时也指名找他。徐庆从此成了岳飞最疼爱的将官。
绍兴三年癸丑，岳武扫平虔、吉群盗，从新淦县啟程凯旋，途经青泥市萧寺，一时感触良深，在壁间题七言绝句一首：
雄气堂堂贯斗牛，誓将直节报君仇。
斩除顽恶还车驾，不问登坛万户侯。