朱由校想直接去长沙船厂当设计师的愿望当然被朱由栋拒绝了：小孩子家家，字都念不全，各种测距、函数计算都不懂，当个毛的设计师。所以朱由栋还是让他明年开春去方山学校报到。
时间来到1613年，完成了开年的各种礼仪性质的活动后，朱由栋带着自己的弟弟妹妹们进入了方山学校。
皇家子弟在平民学校念书，理所当然的激起了刚刚上任不久的新御史言官们的集体劝谏。但是在万历根本不理，朱由栋直接把这些奏章扔给自己门房的残军生火御寒的情况下，御史们也是毫无办法——皇族不是大臣，被弹劾了是不用在家写自辩的。
朱由校们的身份想要保密，那几乎是不可能的，所以朱由栋也干脆不保密了。不过呢，他还是希望自己的弟弟妹妹们不要太特殊，除了田尔耕派出了一队锦衣卫暗中保护外，这些小孩子就没有其他特殊待遇了。
至于你说朱由校们进了方山会不会借此培养自己的班底？哈！一二年级的小孩子可能知道这是皇家子弟后会有点讨好的想法，但随着年龄的增长，只怕个个都要避之不及：方山的教育是超越这个时代的，这个学校的学生也个个志向高远——给藩王做臣属，天天陪着藩王在那个高级监狱里玩泥巴？大家还是摇头快一点。
至于像朱徽娟这样的女孩子，那更是会让方山的男生们像躲避瘟神一样躲开，生怕被看上。理由同上：明代的驸马极惨！当不了实权官员不说，连什么时候和自己的媳妇睡觉还得打报告！
总之，慈庆宫的孩子们最终都顺利入学了，而朱由栋也来到方山实验室，召开新一年的科研联席会议。
“各位先生、师傅新年好啊。”
“殿下新年好。”
“这个，你们这里出产的都是整个大明最新式的东西，孤就不送你们什么小玩意了。咱们来点俗气的，一人一个金饼，来，孤给大家拜年了。”
“哎呀~~殿下，小老儿明天把孙子孙女都带到兴华宫给您拜年！”
“老黄，你忒不要脸了。哈哈哈~”
一阵寒暄热闹后，众人坐定。朱由栋开口道：“老规矩，一个一个来，去年的成绩，今年的研发方向，存在的困难，需要其他学系或者孤的哪些协助。”
是的，借着这次搬家。方山学校和方山实验室真正的融为一体了：各个实验室成了学校的学系，真正的走上了学、研、产三位一体的道路。
“是，那就我们数学系先来吧。”
所谓数学系，其前身是方山的基础科学实验室，代替利玛窦暂时执掌这个学系的，是以前方山学校的精英数学教师李国俊：“殿下，去年因为利奇先生去世，我们取得的成绩不多。大体如下：完成了七年级到九年级数学教材的编写。引入了正负数、代数式、幂的运算、方程式、三角函数等，发现、论证了利玛窦定理（韦达定理），平面几何方面已经推导、证明了一百四十条定理……总之，按殿下教令，今年开始，学校招收七年级学生，我们数学系完全可以承担相关教学任务。
本年度本系除完成学校七个年级的教学任务外，主要研究方向是指数、幂函数、对数、立体几何、解析几何等。存在的困难嘛，当然是利奇先生去世后，很多东西得我们自己慢慢钻研。不过还好，现在数学系正式成立了，学校所有数学老师聚集在一起，群策群力，总是能够慢慢想到办法来解决的。殿下？”
“嗯？哦，极好！极好！”穿越前曾经被高数折磨得生不如死的学渣听着这函数那指数，只觉得全身都起了鸡皮疙瘩，那遥远的恐惧，似乎跨越时空降临到了他的身上。所以李国俊开始讲的时候，朱由栋还可以装模作样，到了后面，他都快被吓瘫了。
“孤，不太擅长数学。但是也知道数学是所有自然科学的基础。因此，虽然数学不太容易看到直接的产出，但孤对数学系的支持，那是肯定不遗余力的。至于说利奇先生的接任者，孤已经去信耶稣会让他们选派了。还是那句话，学术过硬，传教方式温和的，我们就供起来。反之，就让他们滚蛋！”
“是，谨遵殿下教令。”
“接下来就是我们理化系了。因为李大人出任浙江巡抚的原因，所以按照殿下的教令，我们火药组和理化实验室合并为理化系。”此时站起身来的，是赵士祯：“我们也完成了七到九年级的教材编写，可以承担本年起七年级学生的教学任务。物理方面主要是力学、热学、光学。按照殿下的指示，我们已经将目前需要用到的物理学单位进行了冠名。其中，力的基本单位是‘朱’（历史本位面叫牛顿，下同），压强单位是‘明’（帕斯卡），能量单位是‘由栋’（焦耳），热力学温度是‘士祯’（卡）、功率单位是‘光启’（瓦特）……化学方面则是46种元素的介绍，以及常见的酸、碱合成、变化。
教学之外，本系去年主要的研究方向是蒸汽机的实用化。分离式冷凝器、汽缸外绝热层、专用油类润滑活塞等已经实现。今年主要是要解决行星式齿轮、平行运动连杆机构、离心式调速器、节气阀、压力计的问题。预计最迟两到三年后，更够制造出功率强大的，可以投入实用的蒸汽机。
火器方面，已经完成后装步枪的定型，击针的质量已经可以保证，但子弹仍然无法形成量产。按照殿下的提示，我们已经完成了硝化纤维的制造，但是这种纤维极不稳定，在运输过程中容易爆炸。
目前存在的最大困难，主要是材料学方面的进度拖后，金属耐久性不足。虽然我们已经完成了数十种合金的研究，但仍然没有找到有很高的强度同时还耐锈蚀，特别是耐海水锈蚀的合金。此外就是水利机械动力仍嫌不足，我们亟需蒸汽机的实用化。而随着蒸汽机的实用化，有了更强大的动能后，后装枪的生产就可以实现全部量产。不过，殿下，在找到殿下描述过的无烟火药配方之前，后装枪就是实现量产了也无法投入实战。”
“很好，非常好。诸位，你们可要继续努力，将来电学、光学方面都还有单位等着以你们的名字去命名呢。”
朱由栋对理化的进展总体还是满意的。作为穿越者，虽说他不是理工科出身，但作为历史爱好者，他非常清楚，理化的进步，有时候速度过快未必是好事。
比如说，他现在就可以拿出诸如飞梭、珍妮纺纱机这样的东西，可以极大的提高大明棉纱、丝绸的产量。但是这样的东西突兀的放出去，很可能会导致大量的良田被改为桑田或者棉田——经济利益驱动，这不是朝廷发令控制得住的。而这会儿小冰河的威力越来越大，北方越来越仰仗南方的粮食，这时候玩“改粮为桑”简直就是自杀。
又比如说，现在大明很多农民、军户都已经离开土地进入城市的各个工坊做工。如果蒸汽机真的全部推广？那会造成大量的工坊工人失业。如此，国家的稳定就会受到极大的损害。
所以，此时进展稍微慢一点，未必就是坏事。
不过接下来的医学系就要单纯得多了：医学的进步，对于社会来说，基本都是利大于弊。
“殿下，我们医学系去年主要的成绩是研发出了链霉素。经过实验室镜下实验、动物实验、结核患者亲身试药后，已经确认，链霉素对于肺结核、鼠疫患者，有极好的疗效。当然，此物毒副作用也不少，但只要不是对其过敏，总的来说不容易致死。”
“好啊！”作为一个医学类穿越者，朱由栋如何不知道中国是一个结核大国？21世纪全国所有县城，都设有结核病防治所当然是事出有因的。而链霉素的提前问世，对于这个国家来说，好处之大，无论怎么强调都不过分。
“此外，本系去年已经开展阑尾炎、胆结石手术三百余例，死在手术台上的十八人，术后死亡的二十三人，其余皆痊愈。检讨失败案例，主要还是术中出血点没有处理好，导致术后二次出血……
本系已经完成初级医学教材的编写，不过学生等同意殿下的意见，医学毕竟攸关人命，所以要学医的，必须得在年龄到了一定程度后才可以深入学习。所以臣等的计划是，如果有学生念完九年级之后，仍然有志于医学的，可以报考我们医学系。”
“好！诸位，孤刚才听完了你们的介绍，只觉得成绩有很多，这困难也有很多。有好多课题甚至进入了瓶颈。这些，都不要紧。我大明各行各业，哪一行没有困难？这科研，就更是如此。面对这些困难，我们唯有坚持不懈的努力，才有可能跨过去！所以，孤在这里，拜托大家哪！”
“不敢，殿下如此厚待我等，我等敢不继之以死！”