在随后的临时政府总统府会议上，就如何处理那些参与暴乱的士兵和军官进行了激烈的讨论，萧震雷虽然不想参与同盟会内部的尔虞我诈，但他现在的身份是陆军次长和参谋总长，身为军队最高负责人之一，他必须要就此事发表意见，并且要以公正的态度对待此事才能维护自己在军队中的威望。
就在不少人提出要对那些参与暴乱的所有士兵和军官处以极刑的时候，他站出来道：“大总统、诸位同仁，我反对将所有参与暴乱的军官和士兵都枪决，要知道这次参与的士兵和军官达数千人，他们是各地派来的增援北伐的军队，我们要处决他们是不是应该与各地军政府进行一下沟通，商量一下？再说，也并不是每一个士兵都是主动自愿参加的，我相信绝大多数士兵和军官是被裹胁的，如果全部处决，则要杀数千人，这与屠杀何异？”
有人立即站起来冷笑着反驳：“萧次长，你要知道你是一个将军，你维护军官和士兵，我们表示理解，但是不能包庇纵容那些暴乱士兵和军官的罪行，可你是一个统兵之人，比我们更应该明白军纪军法的重要性，这次可是死了数百百姓，被抢了两千多家店铺，房屋被焚毁无数，难道这些被害百姓和被侮辱的妇女不需要讨个公道吗？”
萧震雷闻言冷冷道：“我说过不再追究此事吗？我只是说不能把这件事情扩大化、搞诛连，如果有的人罪不至死也要杀，那我们岂不是成了屠夫？还有，诸公，我要强调一点，这毕竟是军方的内部事务，我们军方会自行处理，与你们这些政客无关，你们管好自己的事情就行了，我和黄总长会进行善后处理，必定会尽快给大总统、社会各界和广大民众一个交代！”
孙文听了萧震雷的话也觉得把这件事情拿到这么多人面前讨论有些不妥，这会给某些人搅乱政局的机会，如果单方面交给军方处理就简单得多了，只要能给受害者、社会各界和广大民众一个交代就行，他扭头看了看黄兴，问道：“克强，你的意见呢？”
黄克强作为军方首脑人物，当任在心理上也是站在军方这边的，而且说到底这件事情的最终起因还在于他这个陆军总长没有解决好这些各地军队的吃饭穿衣问题，否则不可能发生这种事情，再说他也认为这次暴乱应该由军方内部自行解决，这也是为了维护军方的利益，如果以后军队方面出了什么事情，那些文官每次都要插手管一管，长此以往文官的地位又会凌驾于武官之上，又会与历朝历代相同，他不愿意看到武将被文官压制。
“就如萧寰宇所说，这些军人发生暴乱，是我们军队内部事务，理应由我们军方内部自行解决，我和萧寰宇作为陆军部总长和次长，自然会就此事给大总统、社会各界和广大民众们一个满意的交代，至于诸位，还是想想怎么筹措军费，然后将这些地方军队遣返回去吧，否则这种事情迟早还会发生！”
有人立即道：“我们如果能够想到办法筹钱，早就有办法了，何必等到现在？再说了，这筹措军费是你们陆军部的事情，与我们各部有何关系？”
“就是！”有人立即附和。
萧震雷听了心中冷笑，临时政府竟然有这种人存在，真是奇葩，他气极而笑道：“真是滑天下之大稽，如果军费需要我们陆军部自行筹集的话，那么我们这些当兵的还需要临时政府干什么？还需要你们这些人干什么？我们直接带兵去抢好了，或者军队自己去做生意好了，我相信只要我们军方拉得下这个脸面，全天下任何人的生意也没有我们军方做的好，谁敢跟我们军方抢生意得先问问我们手里的家伙答应还是不答应！可我们是军队，是国家的军队，我们的使命是守卫疆土、抵御外辱、保境安民，不是强盗，军队当然要由临时政府来养，否则我们凭什么服从临时政府的指挥和领导？”
众人被辩驳得鸦雀无声，孙文见状只得不能在这件事情继续拖延下去了，再拖下去只会造成军方和临时政府这边的矛盾加深，于是立即道：“好了，军方的事情就由军方自行处置，我相信黄克强和萧寰宇会对此事给我、社会各界和广大民众们一个满意的交代，这件事情就到这里，现在我们就如何筹措这笔遣散费来商议一下。就如萧寰宇所说的一样，这件事情的根子还在于各地军队返程没有足够的开拔费，军队再回去的路上要吃喝拉撒，这些都需要钱，如果不给他们开拔费，他们也许会自行离去，但是谁能保证他们在返程的路上饿极了不到处烧杀掳掠？所以必须要尽快筹措到一笔军费遣返他们，诸位都想想办法，此时刻不容缓！”
这段时间孙文和陈琪美这些同盟会的首脑人物们也认识到临时政府这个家不好当，真正不好当，劳心劳力不说，还不讨好，说不定背后还有人骂他们无能，可不是无能么，否则临时政府怎么会天天扯皮，正经事一件都没干？
面对这样一个烂摊子，这也是临时政府内部很多人都坚决要求南北议和，并由袁世凯来出任大总统一职的原因，孙文等人在这段时间内也是心力交瘁，对于孙文而言，只要共和了，他当不当这个大总统无所谓，而且他也发现临时政府财政窘迫是导致临时政府机构运转不灵的主要原因，可是他又没有钱，去哪里搞钱呢？他没有办法，在国外募捐这么多年也没有募捐到多少钱，这回国更是没带来一文钱，哪里还有办法去搞钱？还不如把这个烂摊子丢给袁世凯，只要清帝退位、老袁是真心共和就行。
散会之后，黄兴和萧震雷回到了陆军部，两人坐在办公室里喝着茶，黄克强问道：“寰宇老弟，对于昨夜之事，你有什么具体的解决办法？这件事情不能拖，越拖越对我们陆军部不利，必须要尽快拿出一个解决的方案公布出来”。
萧震雷何尝不知道这一点，但是这事急不得，必须要调查核实清楚，否则就成了滥杀无辜，他抽着烟思索了一会才抬头道：“黄总，我认为不能一竿子打翻一船人，更不能把所有参与暴乱的士兵和军官全杀了，我建议立即成立此次事件调查工作组，由蒋方震任调查组组长，直接向你我负责，立即着手对参与暴乱的军官和士兵进行调查，搞清楚是哪些人指挥和带队的，谁都在暴乱中杀人或者侮辱了妇女，调查结果出来之后，我们要遵循几个原则，第一，此次事件的主要人物一个都不能放过，不论牵涉到谁，犯事之人是谁的部下，都要一查到底，对于那些人的直接上级，我们还要追究他的领导责任，第二，凡是参与此事暴乱、并且杀过百姓或侮辱妇女的士兵和军官视情节轻重予以判决，杀了百姓的，一律要枪毙，主动侮辱妇女的，也要枪毙，不是自愿而是被同伴胁迫进行的，可以考虑酌情考虑减轻处罚，其他只是参与暴乱、并没有抢劫、杀人或者侮辱妇女的士兵和军官可以考虑进行劳动改造教育，等他们都有认识到自己的错误，并且有了悔过之心再释放，你认为如何？”
黄兴闻言考虑了一下，认为萧震雷这么处理还是很客观公正的，并没有一点点偏袒或估计打击报复的意思，于是点头道：“我认为可行，既然这样，你就搞一份报告出来交到大总统那里，看大总统的意思，如果他同意，就按照这样办理，尽快把这事解决！”
萧震雷闻言苦笑道：“黄总啊，说实在话，我心里一点没底，就算我们把这事这个解决，但实际上的问题还是存在，如果不尽快解决诚外那些各地军队吃饭穿衣的问题，说不定很快又会出大事，到时候我们能不能及时解决？如果被乱军突击到总统府，你想过后果吗？”
黄兴闻言额头上的皱纹变得更深了，他思索良久道：“今天的会议上对于军费方面的筹款还是没有找到一个可行的办法，这样下去不行，这样吧，我还是去找一招陈英士，怎么说他也是上海军政府都督，看他能不能再从上海工商界想想办法！”
萧震雷点头道：“这样最好！”
经过三天的活动，黄兴终于从陈琪美那里弄来了一笔六十万元的款子，萧震雷得知消息后立即来找黄克强，将这三十万元全部提走，各部政客们还想着从这笔款子里捞点油水，毕竟很多人直到现在还没有拿到薪水。
萧震雷拿到这笔钱之后是一分钱也不给临时政府其他各部，各部总长和次长们纷纷去孙文那里告状，萧震雷理都不理，在他看来这些钱还不够赔偿那些死难百姓家属和受到损失的商户们以及被侮辱妇女的，可也不能全部把这些钱用来赔偿，还必须从中拿出一部分作为各地军队的遣散费用。
很快萧震雷以临时政府陆军部次长的身份发布了有关此事事件的最终处理结果，第一，首先对在此次事件中的受害者家属（包括被侮辱妇女）和受损失的商户及民众进行公开道歉并赔偿，由于临时政府财政状况不佳，所以赔偿不会太多，军方会根据受害者和受损失的实际情况进行赔偿。第二，严肃军纪，从即日起成立宪兵队，对任何在南京的军队都有执法权，防止军人扰民的事情发生，一经发现严惩不殆！第三，根据调查结果，针对参与此次事件的军人做出处理决定一下惩处：第一，对以许大彪为首的策划者和指挥者一共二十二人处于死刑；第二，对于在此次事件中主动开枪、用刺刀杀死平民百姓的一五十一名军人处以死刑，第三，对于在此次事件中主动侮辱妇女的一百九十二命士兵处以死刑；第四，对在此次事件中只抢劫、没有杀人放火或侮辱妇女的六百多名军人予以五年刑期劳动改造；第五，对此次事件中不是处于主动或自愿的一千一百名士兵予以一年劳教。第五，对于各省派来参加北伐的军队，陆军部决定予以遣散回原省，至于如何遣散，遣散费的发放问题将另行公布！
这份通报让萧震雷一下子得到了全城百姓的拥戴，也让他在国内外的声望高涨。南京城内民众们都很感动，特别是那些受害者家属和受损失的商户们，因为从古至今，没有哪一个朝代会因为自身的错误而给平民老百姓进行道歉和赔偿的，且不说赔偿了，能道歉的也几乎没有，虽然有汉武帝这样的皇帝下过罪己诏，但也只是承认自己的错误，并没有向百姓们道歉，更何况现在萧震雷不仅代表陆军部道歉，而且还要进行赔偿，直到现在为止，中外都没有过这样的先例。
进行赔偿之后，接下来就是要对参与哗变的军人进行惩处了。
这天下着淅淅沥沥的小雨，已经连续两天了，丝毫没有停止的迹象，但萧震雷还是下令照常执行枪决。
法场在城外一片荒地，背靠一座土丘。这天上午，南京城内和周边地区无数民众举着油纸雨伞或穿着蓑衣来到了执法现场，法场周围围了十数万人，整个南京城都快空了一半。
或许早就预料到会是这么盛大的场面，萧震雷安排了一团的军队在法场周围警戒，并从外面到法场之间预料了一条可以通行卡车的道路，在两侧每隔几米钉上木桩，再在木桩上绑上绳索，防止围观的民众涌入道路上阻碍交通，而在道路两侧每隔几米就有一个士兵持枪站岗维持秩序。
不久，二十多辆大卡车装载着数百人经过通道抵达了法场，那些将要被执行死刑的参与哗变的军人押送下来。
萧震雷披着一件雨衣，头戴大盖帽从汽车上下来，几个军官跟在他的身后，他来到一排排死刑犯面前看了看，然后立正敬了一个军礼，“在执行枪决之前，我要感谢你们在中华民国成立之初所作出的贡献，各地光复你们功不可没，你们是功臣，但是你们却又违反了军纪，作出了一个军人最不应该做的事情——哗变，而且伤及无辜众多，杀你们不是我们的最终目的，而是要维护军纪的森严??????”。
不少人痛哭起来，有的人直接被吓得瘫在地上，十几分钟后，法场上响起了一排排响声，数百名哗变军人被枪决。