后世将这一耻辱逃亡视为“末日战争”的开始，民众开始不再信任地球联盟集团军能力缆狂澜驱除虫族了，他们多数选择关在家里沉迷于虚拟的v世界中，不在关心战局，对未来也不再抱有希望。
而民众的选择是对的，后来的战局一天不如一天，战争的局势由于进化变异虫军的出现开始发生滔天巨变，变异后的虫子以飞天螳螂、巨型水虫、沙蜘蛛为主，机动攻击力强的飞天螳螂变异后，虫铠能抵御绝大部分的激光和导弹攻击，巨型水虫是重型虫军，不光能渡海作战，也能发射虫卵飞弹攻击，集团军队引以为傲的导弹及核弹头它们可以轻松的拦截，并且精准的击毁对方的重型装甲车和坦克。沙蜘蛛是步兵最恐惧的存在，它有着变色龙的隐藏天赋，很难用现代的仪器发现它的踪迹，同时它能钻地能飞天，擅长偷袭和刺杀，许多高级军官在兵营中睡觉之际就被沙蜘蛛给一一刺杀。使得它的成为梦魇般的存在。
理查德上将的临阵脱逃是战败的多米诺骨牌的连锁反应，一个个军事要塞被攻陷，一个个军团投奔第四区白柔军团，后期撒旦罗甚至不以军的形式追击集团军的溃军，以中队和大队的2千-1万的小股虫军对溃逃的集团军部进行穿插追击。
而能逃到第四区中部的军队不足一半，以薛攀军团和白鸽军团损失最大，一个军逃回安全区的只有一个师的兵力，而就这样撒旦罗还不打算放过他们，他似乎早就想把第二集团军汇聚在一处，然后一同端掉！他将变异虫子分成十个大队对第四区中部区域进行穿插扫荡，配合着第四区原有的百万虫军队中部进行合围，试图压榨其军部活动空间，让第二集团军最后的兵力也消亡殆尽，而根据统计第二集团军总兵力只剩下不到四十万人了，形势堪忧。
地球联盟总司令李维和在战时最危急时任命白柔上将为第二集团军总司令，同时将理查德上将送到了军事法庭，颇有戏剧性的是理查德戴着手铐走进法庭的时刻突然心脏病发作倒地不起，而此前他体检的病例显示他身体状况良好，没有任何疾病的前兆。
白柔上将作为新晋生的最高总司令一上任并没有过多的兴奋和激动，在败局初定的时刻，她没有选择者向第一集团军靠拢，她内心清楚，第二集团军若是放弃了第四区的粮仓，人类军队离彻底的失败只是时间问题，哪怕第二集团军总指挥阿哲上将指挥艺术如何神奇，也解决不了军队吃饭问题。
她上任之时通过光脑对民众和军队官兵公开演说：“集团军总司令是我这辈子最高的职位，也是最我一生面对最难的关卡，短短的二周时间，我军损失兵力过半，有十几座城市被虫族攻陷，无数的武器和铠甲在溃败后被遗弃，许多以前信任我们的百姓不再关注我们，服役的新兵也低到了十年来的最低点。但是我们将继续战斗到底。我们将在第四区作战，我们将在第三区中作战，我们将以越来越大的信心和越来越强的力量在空中和海上作战，我们将不惜一切代价保卫原本就属于我们的土地，我们将在平原作战，我们将在敌人占领区作战，我们将在田野和街头作战，我们将在山区作战。我们绝不投降，即使我们多数百姓和士兵陷于饥饿之中，在过去我从来不相信会发生这种情况，不相信人类会被渺小的臭虫们逼到生死边缘，但事实上确实如此，我们确实身处比地狱还糟糕的世界，虫军的伤亡率没有它们的死亡率高！敌人会越来越多，越来越强，而大多数还选择窝在家里在虚拟的v世界中获得那所谓的安全感？朋友们、战士们、亲人们、活着的人们，如果你感觉自己身陷地狱，那么请随我一同前行！”
白柔司令在讲演完毕后，下达了一个令人瞠目结舌的命令，命令第二集团军所有部队化整为零，以团部为单位分别在第四区的广大区域进行游击战！生存战！持久战！
就此，漫长的末日战争正式拉开序幕！
……
随着时间的推移，战局并没有因为白柔上将坚定的战斗决心而好转，反而更加严重了，变异后的虫子第三次进化后肉身已经强到令人发指的程度，厚厚的铠甲连穿甲弹也打不穿，同时虫族在占领区开始大范围使用电磁波干扰器，人类集团军的铠甲和重武器没有任何用武之地，一座座抵抗的城市沦为焦土废墟，大大小小的战役都是以人类惨败告终，军队在不断撤退，士兵和民众都逐渐失去信心，直到著名的宫之奇教授终于破解了新生代虫族的进化之谜。
“终于有一天人类在基因变异剂的改造下能够和虫子们堂堂正正的正面对抗了！”他通过光脑发布了他最新的研究成果。
宫之奇教授随后将药剂配方无偿的告诉给整个世界，他创造的药剂归类为三类基因改造药：进化类、精神类、自然类。
每类药剂分为九阶，主要原材料源自变异虫子脑下的虫囊，进化等级越高的虫子配制的药剂等阶也就越高。因为现在进化三次的虫子捕获特别难，所以人类变异药剂也只能最高控制在三阶且有价无市，让人不住惋惜。
三大药剂种类中进化系是和虫族变异能力最接近的进化模式，每次注射完毕后肉体更加迅捷，有力量，肉身恢复能力更强，变异特点也更具有随机性。
精神系则是更加注重人的大脑开发，听说这种药剂的实验是和爱丽丝女士一起联合发明的，实验结果表明服用过精神药剂的人，感知能力会非常强大，往往几十米远可以清晰的看清楚苍蝇是公还是母，精神也更加饱满，适用于指挥军官们。
而自然系药剂是最不稳定的药剂之一，注射后人体会受到不同程度的反噬，有参与试验的人会莫名其妙的自燃起来，如同体内有燃油一般，直到自己化成灰烬，也有的试验人员在注射一阶药剂后不断脱水，一直在变成一张人皮。
纵使变异基因药剂有这样或者那样的缺点，但终于有报道传出，有一位注射二阶进化药剂的机动步兵在不穿铠甲的状况下徒手能撕裂一只变异后的蟑螂虫。而如这般的报道不止一条，近乎隔几天就有一位超级战士凭空出现。战局似乎又开始逐渐稳定，甚至有人传言药剂不断进化能够使人类实现真正的长生梦，于是地球的人们凡是有胆量的都开始袭击落单的虫子取出它们的虫囊来换取变异基因药剂，而军队也开始做起了生意，各军团司令官将虫囊收集起来，用军队其下的研究所制作变异基因药剂，不仅能将药剂出售，还能定量配给给士兵和军官，让招兵变得更加容易。久而久之，地球联盟总司令部越来越难约束这些将军们，实际上打从战争开始之日他似乎除了下达命令指挥外，也没做些更实际的事情，比如物质啊、兵援等等。
所以由变异基因药剂导致了集团军开始分裂成为公司的形式，击杀虫子不是报仇，而是为了赚钱，或者配置药剂，但虫子，尤其是变异进化后的虫子是一般平民能干掉的么？
显然不是，利益熏心而又没有足够信用点购买药剂的人开始偷袭虫子后，虫子立即会将信息传递给母虫，母虫会调配小队或者大队来对整个区域进行毁灭性的打击，而人类已不是吃素的，平民开始自行购买武器逐渐雇佣军，有些甚至配备了微型核武器，结果就是战争频发，城市逐渐沦为废墟，农田成为荒地，自来水受到核辐射的污染，基本的物资保障都不能满足的民众的需求，他们更不愿意离开虚拟v世界了，多数的民众购买了一大堆的营养浓缩液，睡在营养舱里登陆进v世界，就算营养液用尽了，他们乐意死在自己美好的虚拟世界中。
而利益驱动下，司令官的地位水涨船高，军队不仅成为了公司，同时也成为了家族势力，其中最有名的有如下几个大的势力家族：白柔上将的白家势力、薛攀中将的薛家军、乔治软件公司、代表地球联盟势力的理查德家族和李阀、张顺老将军的张氏家族、还有扎西的神圣军。