日军的第三波攻击终于来了，目标果然集中在那三艘残存的美国航母身上，虽然美军官兵竭力抵抗，但是没了飞机保护的三艘航母还是很快就被日军的炸弹与鱼雷送入了海底，而日军飞机被击落的频率还不到先前美军舰队有战斗机保护时的三成......
既然损失不大，日军飞机自然不会见好就收，而是理所当然地继续扩大战果，先后炸沉美国大小舰船数十艘，尤其令美国人痛心的是，搭载了差不多两个师陆战部队的众多运兵船几乎全被日军机群炸沉，而急于北逃的美军舰队也不可能停下来耐心搜救，致使超过2万名美国海军陆战队精锐葬身鱼腹......
得知成功炸沉美军全部12艘航母的山口多闻欣喜若狂，他一边勉励舰载机部队和中途岛上的陆基航空部队战胜疲劳、连续作战、彻底消灭美军的太平洋舰队，一边兴奋地给国内翘首等待消息的崇仁天皇和山本五十六报喜。但令山口多闻始料不及的是，山本五十六在电报里竟然要求他终止原定计划，不再继续轰炸美军的舰艇，理由是炸沉美国的全部航母已经足以消除美国海军在太平洋上的威胁，没必要斩尽杀绝，免得堵上和谈的大门......
山口多闻接到这个命令后气得当场破口大骂，他知道山本五十六心底里对美国十分恐惧，但却没想到他竟然会有如此天真的想法，“他难道没有听说过中国那位伟人的名言‘以斗争求和平，则和平存；以妥协求和平，则和平亡。’吗？只有抓住这一千载难逢的良机，彻底消灭米国太平洋舰队，让米国海军在三年内都恢复不了元气，才有可能逼着他们求和；如果放虎归山，让这些有经验的海军官兵和众多的辅助舰艇回到美国，以美国的庞大工业产能，只是12艘航母的损失，要不了多久便能补足的，他们怎么可能会求和？最多以这个拖延一下时间罢了！”
但是在如今的日军当中，“下克上”的做法已经是极大的忌讳，即使是如今已经战功赫赫的山口多闻也不敢公然抗命，再加上飞行员们连续作战后已经疲惫不堪，而且损失也非常巨大，山口多闻只能不甘地在墙上狠狠地捶了一拳，坐视美军残余的舰船安然北返......
虽然山口多闻没能砍下那最后一刀，但这次中途岛海战中美国海军的损失还是大得让罗斯福的脑溢血提前发作，根据美军战后统计，此役美国海军太平洋舰队一共有6艘重型航母、6艘轻型航母、3艘轻巡、25艘驱逐舰和38艘非作战舰船（一大半是运兵船和补给舰）被日军击沉，803架飞机被击落或炸毁、600多名优秀的舰载机飞行员遇难，包括舰队护送的登陆部队在内、美军死亡和失踪的人数超过了5万之众，这实在是美国海军历史上空前、甚至很可能也将是绝后的大惨败......
消息传开后美国上下一片哀鸿，而美国人对日本人的愤恨也进一步激化，各个集中营里关押的日裔普遍受到了更加严苛的对待，甚至还有集中营发生了小规模的屠杀。身为总统的罗斯福虽然知道这样不对，但眼见民情汹汹，也不好强硬地弹压，最终导致了后来更大的悲剧发生。
这场大败令盟国在太平洋上陷入了前所未有的被动之中，虽然流水线造船法的推广大大加快了美国建造军舰的速度，但是航母这样的主力舰再快也得接近两年时间才能完工入役，这12艘航母刚刚形成战斗力就被全灭，也就意味着美国海军的舰载航空兵部队最快也要等到1944年底才能完全重振旗鼓，考虑到日本海军在此期间肯定会有新的航母下水，而德国的五艘航母至今尚在，那时的美国海军舰载航空兵部队充其量也不过能够与轴心国勉强抗衡而已，想要彻底扭转战局，要么必须在战场上打一次大的翻身仗，要么就得再等下一批主力舰下水形成战斗力，那可就还得再等2年啊！
在这种严峻的形势下，罗斯福只能进一步加大动员力度，尤其是航母的建造受到了他更大的重视。除了之前就已经在建的10艘埃塞克斯级航空母舰之外，还下令将两艘即将完成的巴尔的摩级重巡洋舰改装成轻型航母应急，这就是后来的塞班级轻型航母，由于巴尔的摩级重巡洋舰的尺寸比克利夫兰级轻巡洋舰大得多，再加上美国航母设计建造能力的持续进步，这款轻型航母的性能比一战尽没的独立级轻型航母强得多。
此外，罗斯福还紧急终止了在建的7艘（有2艘已经完工）依阿华战列舰中排序最后的3艘的建造计划，将其占用的资源腾出来用于建造满载排水量接近60000吨的超级航母中途岛级。这也就是说，美国同时在建的舰队航母数量达到了令人目瞪口呆的15艘......
而在此之外，美国还有50艘护航航母正在建造之中，而且这款被称为博格级的护航航母是用比自由轮更大的商船改装而成，因此无论是排水量/载机数还是续航力等其他各项性能都比此前改装的卡萨布兰卡级护航航母强得多。尤其值得一提的是，随着美国弹射器技术的持续进步，博格级护航航母上起降飞机的限制也大大减小，虽然依然不足以与舰队航母抗衡，但至少已经不再是完全没有还手之力了，如果运气好碰到没有飞机保护的其他敌舰，它们甚至还有可能冒充一把舰队航母来逞逞威风......
本来罗斯福还想将四艘蒙大拿级战列舰的建造计划也废止掉改造航母的，但一个噩耗的传来却令他打消了这个主意。一开始是准备返回东海岸封存起来、结果在中途岛战败后接到新的命令前往南大西洋反潜（注1）的美国航母突击者号以及包括三艘战列舰在内的三十余艘随行舰艇在通过麦哲伦海峡的时候遭到了德国魏格纳舰队的伏击......
注1：中途岛战败后，美国政府已经明智地暂时放弃了太平洋战场，毕竟实力已经处于绝对劣势，硬要强争的话，只会令已经损失巨大的海军无谓地继续大量失血。