前情提要：
信长让家康出手试探敌军，却收到信玄亡故的消息，他是否会趁此机会，平定幕府之乱呢?
本文开始：
藤吉郎赶回岐阜城，正要回报结果，信长却道：「猴子，你不必说了，我都已知晓。刚才使者通报，说义昭向吾宣战，既然如此，我就好好教训这蠢材吧!」这时，丹羽长秀来报：「主公吩咐打造的秘密战舰，已经完成了!」信长哈哈大笑：「来的正是时候，眾将随我上船!」
眾将来到琵琶湖畔，只见湖上浮着一艘长三十间(五十四公尺)、宽七间(十三公尺)，拥有百座望楼的超级巨舰，让眾人全看傻了眼。原来信长早已做好准备，只待义昭一举兵，就能即刻应战。
织田军乘风破浪，渡越琵琶湖，来到大津港登陆。义昭没料到信长竟由海路奇袭，二条城瞬间被破，急忙退往槙岛城，此城乃是被宇治川包围的要塞，形势险要，固若金汤。
信长策马赶到城外，喊道：「足利义昭，你还是别做抵抗，快快投降吧!」义昭大喊：「我可是幕府将军，由不得你放肆!」信长冷笑：「连现今的战况也看不清楚，亏你还自称将军!」正要攻城，忽然一声雷响，天降大雨，宇治川漫成一片汪洋，将槙岛城围在其中。就算是织田的千军万马，也无法通行。义昭见状，哈哈大笑：「天助我也!只要撑到信玄、本愿寺到来，信长你就完了!」
眾将望着滔滔大水，不知如何是好。信长说：「既然无人敢渡河，那就由我亲自打头阵吧!」策马跃入激流之中，眾将不敢落后，纷纷跟上。信长舞动天劫狱神剑，竟将箭矢、雨水一齐拨开。数万大军如浪潮涌进城门口，很快打破城门，烧毁箭仓，信长围住最后的主楼呼喊：「义昭，我给你最后机会，快快投降!」
义昭见大势已去，抱头懊脑：「可恨，我竟会败给尾张傻瓜!」只能交出两岁幼子义寻为人质，开门投降了。藤吉郎挖苦说：「义昭将军，你不是说你一声令下，天下名将都会蜂拥云集，来到你身旁吗?怎么又只剩你一个人了!」羞得义昭满面通红。眾将劝信长以「违抗圣命」为由，将其正法。信长却道：「不必处死，流放即可!我要拿义昭来警告天下，反抗织田就是这种下场，即便是堂堂将军也一样!」藤吉郎笑说：「也好，让狗将军活着受辱，可比一刀宰了痛快!」于是，足利义昭被流放到河内若江城，室町幕府也随着二条城的大火灭亡了。
信长为防止推翻幕府招来恶名，于是大赦天下，废除京都赋税、公田地租及诸项劳役，对于勤治儒道、尽忠尽孝者，都给予特殊待遇，又颁授各街道最优秀物品『天下第一』之称号。还奏请朝廷，改国号为天正元年，叮嘱京都所司代村井贞胜，善尽警卫、民政之职。在一连串改革之后，饱经战火催残的京都也恢復往日繁荣。
信长拔除了心腹大患足利义昭，而他与三好、朝仓的恩怨，又将如何了结呢?