本来对于广州被围的事件，朱由校在得知后心情已然愤怒至极，他没想到这些西洋番竟如此大胆，为了获得对澳门的控制权竟然不惜挑战自己大明的底线，而围住整个广州城，还杀了几个平民。
朱由校为此甚至已经命兵部左侍郎杨嗣昌开始调集京畿附近的禁卫军和此刻在四川、湖广、南直隶以及京畿一带新招的禁卫军立即齐聚两广，并命北海舰队和东海舰队提前做好应战准备，以应对很可能出现大明不仅仅要与郑氏海盗对战还会与佛郎机进行对战的局面。
朱由校不想在这个时候大动干戈，毕竟这个时候整个帝国的战略资源还没准备充分，禁卫军陆海空(飞行营勉强算空军）三军的扩编还没完成，但现在涉及到大明的主权正在受到威胁，所以朱由校不得不做好破釜沉舟，集全国之力应对外敌入侵的准备。
然而，作为大臣的李明睿和杨嗣昌等人并不认为因为佛郎机人的挑战而表现得如此紧张，作为一个明朝人，李明睿和杨嗣昌没有对佛郎机这样的西洋番并没有什么警惕之心，远远不及他们对鞑子侵掠关内之事的重视，甚至在他们看来这种事件还不如之前发生的民变，毕竟这些都可以导致乱象发生。
而纵观大明乃至于整个华夏历史，还没有南来的外夷的作乱导致了整个中央王朝为之倾覆的历史事件发生。
李明睿和杨嗣昌等官员也就没有从主观上觉得这些西洋番是代表着当今世界先进生产发展方式源头而对这些西洋番有什么畏惧，而作为后世子人的朱由校却深知此时的佛郎机是个什么样的存在，也不得不担心大明会像后世的晚清一样也要经历一个鸦片战争。
尽管朱由校现在已经足够相信自己大明不会像后世的晚清一样沦落为半殖民地半封建国家，但当他得知这些西洋番开始围困自己的广州府城时已经不得不条件性的产生警觉，并担忧会出现自己大明会在短时间内获得较大损失。
杨嗣昌不愿意朱由校这样以调集全国之力的代价来应对一个海外蛮夷，因而在执行任务面前不得不冒着触龙鳞的危险对朱由校谏言道：“陛下，这些佛郎机人不过是从欧罗巴来的一群蛮夷之辈而已，仗着自己船坚利炮就以为自己可以纵横整个海上，还敢挑衅我大明，依照微臣看，不过是夜郎自大而已，要不然他们也不会被一个郑氏海盗挤压，所以，微臣认为此次广州城被围不比大动干戈，出动两广之兵即可。”
“或许正如你所言，我们大可不必如此，但现在朕最担心的却是这些西洋番是不是和郑芝龙等海盗联合了起来，要不然也不敢围我广州城，如此以来，我大明在海疆上面对将不是一个敌人而是一群敌人！”
朱由校说后，李明睿则也站了出来，道：“陛下，无论郑芝龙是否与佛郎机等西洋番联合，他们也只能在海上纵横，即便攻我一二座城池，我大明亦可断其供应，逼其撤离，而且除此之外，诚如嘉靖朝的汪天官所言，我大明只要器物不落于其西洋，则以地利之优势，西洋番夷将难以占我大明半寸之地！”
朱由校不知道是谁给了这些大明官员们这么大的自信，或许对于他们而言，佛郎机的确算不上什么，而李明睿所说的那位汪天官就是在嘉靖朝官至吏部尚书的汪鋐，此人在广东担任海道副使时曾指挥过一次针对抗击佛郎机人侵略的屯门海战并在此战中大获全胜，还顺带把佛郎机的火器引入了大明，使得大明本来开始落后的火器技术再次缩小了与西方的差距，并为日后万历三大征打好了基础。
现在李明睿以汪鋐的话来劝谏朱由校无非就是想告诉朱由校现在的大明无论是火炮还是船体的速度与规模都不亚于佛郎机，因而也就不必担忧佛郎机和郑芝龙联合起来后会对大明形成大的威胁，至少其影响也只能局限在沿海一带，也不可能会让整个大明内地出现动荡。
朱由校也听明白了他的意思，但还是让杨嗣昌继续做好调兵方案，并命李明睿随时在西暖阁待命，至少暂不立即将旨意下达，以等待南边商周祚呈递的最新消息。
就在这时候，外面突然传来一阵紧急的马蹄声，并听其声音高喊道：“大捷！我南海舰队于东沙大败郑芝豹船队，击沉敌舰四十三艘！”
尽管顾三麻子引诱郑芝豹的船队到了东沙才对大败其部，使得郑芝龙和其他海盗势力没有及时得知南海舰队主动对郑氏海盗出击的消息，且因郑芝豹的狼狈出逃而导致郑芝豹完全没有获得半点关于南海舰队与自己发生海战的证据，但作为朝廷官员的顾三麻子在离开东沙时还是主动的命人将这个消息传递给了驻扎在舰队里的锦衣卫。
不过，当锦衣卫提前把顾三麻子打败郑芝豹的这个胜仗以八百里加急的方式不通过锦衣卫北镇抚司和司礼监传递而是直接走中门传给朱由校时，朱由校听后却是半点也高兴不起来，他甚至不由得大怒，直接把手里的笔拍在了案上：
“这个顾三麻子是在做什么！朕不是再三叮嘱过他，不到万不得已不能与擅自与郑氏开启战端吗！如今他竟敢违背朕的意旨，真是狂妄！”
朱由校气呼呼的说后就坐了回来，他不得不承认顾三麻子是一员很善战的海军骁将，但他现在开始怀疑这个顾三麻子是不是有点好大喜功，竟敢罔顾自己的指示而贸然开启战端。
“陛下，常言道，将在外君命有所不受，或许事情并不是我们想象的那样，这个顾三麻子纵然有天大的胆子也不敢违抗陛下的意旨，而且陛下您也给了他便宜行事之权，于情于理也说的过去，何不细问问具体是何缘由再做定夺也不迟”。
李明睿的谏言很是中肯，朱由校也并不是听不进去的人，尽管今天这李明睿和杨嗣昌似乎是在故意跟自己对着干，但朱由校还是表现出了自己作为一个帝王的胸襟，没有表现恼怒的样子，还点了点头道：“你说得对，让跪在外面的锦衣卫信差进来，朕要好好问问他。”
海上不比内地，难以建设固定的驿站和驿卒，因而也就只有锦衣卫来充当这个信息传递的角色，他们很多时候会假扮成渔民，或者潜伏在各路海盗势力之中，甚至也在一些海岸重要据点有自己的锦衣卫联络点，在各军中也有和军法处挂一个牌子的锦衣卫办事处。
因而，顾三麻子在打败郑芝豹后其消息传递便交给了锦衣卫自己的信差。
这锦衣卫信差被王承恩带了进来，并跪在朱由校面前将一份顾三麻子亲自写的密奏盒递了上来。
朱由校也没立即问这锦衣卫信差，而是先将顾三麻子的密奏盒子用钥匙解开，看了起来。
为了监控百官，朱由校没有打算单单只靠现在负责大明内部维0稳工作的东厂，他给了大明二品以上的官员们一个密奏权，也算是加剧官员们自己之间的内斗，避免他们凝结成一股绳来对抗自己这个君王。
而顾三麻子现在是总兵官，算是二品大员，因而也有密奏的特权。
但朱由校没有想到的是，这个顾三麻子的字迹是如此的烂！烂得本来对顾三麻子的冒然之举而有些不悦的朱由校一看见这字就不由得噗呲一声笑了起来，但最终还是忍住看了下去，还不由得念了起来：“陛下，我顾三麻子知道您说过不让我打郑芝豹是因为不想朝廷与郑氏现在彻底撕破脸，但那叫郑芝豹一路上盯着我们，还一个劲的展示他是有多么的笨，我实在受不了才不得不给他教训；
不过，陛下放心，我顾三麻子知道分寸，也不敢耽误了陛下的如意算盘，就故意把郑芝豹给引诱到吕宋一带去，如果这郑芝豹能聪明点，知道老子是给他设的陷阱，提前走开，老子还不会收拾他，但偏偏他自己还送上门来，追老子的时候也是一个劲的猛追，也不知道摆好阵型，观察附近海域地形，如此，老子实在受不了只能吃了他，这就跟一如花似玉的姑娘都脱光了在你跟前，你要是不干就真是太亏了的缘故，不过，微臣的确是违背了陛下意旨，若是陛下想给郑芝龙一个交代，微臣可以受罪。”
念完这顾三麻子的密奏，朱由校依旧忍俊不禁的笑了笑，并指着这顾三麻子的密奏道：“好，好个顾三麻子，算是把朕给说服了，杨嗣昌，你令兵部武选司，承认顾三麻子此次打败郑芝豹的功绩，并为以后此人加官进爵的加分一项，但此战的事迹不能承认，无论任何人问也不准透露出任何信息，也不准对此事大肆宣传。”
之所以这样做，就是因为朱由校现在还不想对外承认这场海战的存在性，以及朝廷是否参与了其中，甚至有必要会直接拿顾三麻子去背锅，但现在朱由校也不得不很佩服这个顾三麻子的果敢与睿智，可以说是一个粗中有细的指挥者，虽然言语有些轻佻夸张但字里行间却透露其整个人缜密的思维。
首先，这顾三麻子已经给自己强调是郑芝豹自己太傻，一而再再而三的进入圈套，如果不教训一下实在可惜，而且顾三麻子自己还故意将郑芝豹引诱到比较远的地方进行攻击也算是考虑周全，甚至主动提出自己甘愿承担后果的话，看得出来，也还算有担当。
也因此，也不由得朱由校不对这个顾三麻子的态度由恼怒变成喜爱。
“传旨给顾三麻子，朕准允他继续在南海一带相机行事，郑氏海盗的事他不用管，朕乃堂堂大明帝王还犯不着在一个海盗头子面前挣脸面，左右不承认就是！但违背朕的意旨的事是不能就这么轻易算了的，不过看在他大胜的份上，允许他戴罪立功，立即协助两广总督商周祚解决广州被围和收回澳门居住权的事！”
朱由校说完就让那锦衣卫信差先退下去，但没过多久，又有一个八百里加急的信差传来了“大捷”的声音。
三人不由得一愣，都不由得凝神听着外面的声音。
还是杨嗣昌的耳朵比较尖，最先听清了内容，忙笑道：
“回禀陛下，是澳门大捷的消息！
以微臣推测，那个顾三麻子只怕再击败郑芝豹后并没有立即去广州府城而是另辟蹊径趁着佛郎机等大部去了广州府时偷袭了澳门，使得澳门重新归于我大明！而如此以来，这些佛郎机船队的后路也就被切断，广州之围自然也就迎刃而解！”
听杨嗣昌这么一说，李明睿不由得笑道：“杨侍郎倒是厉害，竟如亲历现场一般，只是不知道你的推测是否属实？”
朱由校也有些兴奋，对于澳门这个地方，他作为后世人对此的情感要更深些。
尽管明确签订澳门被长久租借的不平等条约是清末，但他毕竟是第一个被外夷控制达数百年之久的地方，是朱由校这个大明帝王没办法容忍的羞辱。
待这信差一来，便迫不及待地亲自夺过奏疏来阅览，最后也不由得拍了桌子笑道：“果然如卿所料，这顾三麻子还真有些办事，如今澳门与广州之事都已解决，我大明南海舰队也算是正式在珠江口站稳了第一步，接下来就是要设澳门为府，在澳门成立市舶司，开启大明海洋贸易的第一步，郑芝龙不是想在闽浙一带控制我们大明商品的出口来赚取中间差价吗，如今我以珠江口为出口，看他如何赶来阻止，若是真来阻止，朕也不妨以此为理由剪灭他！”
说着，朱由校就命李明睿着手负责恢复和发展澳门作为外贸重要门户的事，同时又命人传旨给皇家织造局和皇家工业公司以及军械司等立即做好准备去澳门设立机构，以准备他日通过此地外销产品，同时朱由校还命令皇庄也准备在澳门设立机构，以备将来从南洋一带购进粮食和其他南洋特色瓜果菜蔬等。