朱由检应允了群臣保举之事，任命高弘图为内阁首辅，命其主持朝政。
但同时，朱由检则对弹劾马士英与宋应星的奏疏留中不发，不予理会。
这让许多朝臣很是费解，开始越发觉得自己猜不准朱由检的心思。
朱由检要的便是不让他们猜中自己的心思，他现在不是想着报复谁，而是一切都在为能够更好稳定国内政局与集中南方集团所有力量抗击北方清军的目的而奋斗。
管绍宁等都开始以为朱由检会依旧坚持任用非南直隶的人担任内阁六部要职时，朱由检则直接授意内阁次辅高弘图再主持内阁时保荐管绍宁、霍达、陈士鼎等担任要职。
“朕贬黜范景文、祁彪佳、刘宗周三人，不仅仅是因为他们拂逆了朕，也是为了做给一些心怀异心摇摆不定的江南反动士绅们看的，范景文是朕扶持起来的北方籍官员，刘宗周和祁彪佳俱是浙江党人，朕贬黜他们是为了让这些江南反动士绅们相信，朕不会再只亲近北方籍官员和浙党官员；这一切的一切不过是为即将来临的清军南下之事做准备，所以爱卿您主持内阁时大可将这些人提为要职，但也不能让他们只手遮天，吏部、兵部和户部这三个部门的尚书之位不能落到他们手里，明白吗？”
朱由检一番嘱托后，高弘图连忙点了点头：“微臣明白！”
很快，便进入了高弘图组阁时期，地方督抚与在京四品以上官员皆开始积极与高弘图联络了起来。
此时的马士英之党徒阮大钺也有些如坐针毡起来，他和高弘图从天启年间开始便分属东林党与阉党，如今高弘图组织内阁，而自己的铁杆盟友马士英又没在南京，因而他开始担心起自己能不能保住兵部右侍郎的位置来。
阮大钺不是一个甘于现状的人，他一直在观察着朝局，从当时内阁首辅范景文带着内阁阁臣意图逼迫陛下诛杀王承恩再到顾林被释放端文学社越发壮大以及如今连续三名阁臣倒台和高弘图继任内阁首辅的事件，阮大钺一直在寻找着自己可以飞黄腾达的机会。
“真正主宰着一切的还是陛下，只要顺从了陛下的意思，就不用担心自己会被免职，可陛下到底是怎么想的，是想要什么？”
阮大钺暗自念叨着，彼时一清客带着一信件来到了阮大钺这里：“老爷，这是督师马阁老托学生转交给你的，马阁老说清军南下之前，以王公之拙、史公之直，首辅之昏，必使朝局纷乱，当此之时，若想稳坐朝堂，当矢志不渝地忠诚于陛下，把心思花在抵御清军南下上，以及维护陛下之权威。”
“把心思花在抵御清军南下时，也就是说本官身为兵部右侍郎主管兵部事务，当进行屯粮调配军资，不问外界之事，而维护陛下权威，自然是要唯陛下之命是从，除掉妨碍陛下的人，不听陛下话的人，如今内阁首辅已定，就只有司礼监掌印未换，而史可法素来过于耿直不听陛下之旨，如今倒不如弹劾史可法，隔绝外官与内廷之联系！”
阮大钺瞬间有了自己的想法，忙开始准备联络言官弹劾史可法。
很快，史可法也遭受到了弹劾，弹劾缘由是史可法交结外臣，朱由检顺势便将史可法贬黜到福建归化做知县，按照朱由检的意思，既然史可法那么喜欢和外官相处，便干脆就放到地方做外官。
史可法离开司礼监倒是让所有文官都惊诧不已，也很是失落。
毕竟在史可法虽说已经是太监，但在思想上还是和文官们一致的，因而在史可法主持司礼监期间，内阁与司礼监几乎是很和谐的，内阁的意见，司礼监几乎无不照准。
阮大钺猜准了朱由检的心思，朱由检的确是不想再让史可法担任司礼监掌印一职，即便阮大钺不找人弹劾史可法，朱由检也会将史可法贬黜掉，因为史可法的确犯了身为内臣的大忌讳。
朱由检其实早先也已料到史可法这种文官即便成了内臣也会和文官们穿一条裤子，他当时之所以还要用史可法是为了利用史可法在江南官场的势力稳住江南局势，同时还因为史可法的确处理政务能力较强，而内廷又缺少政务人才，再加上史可法也算是忠心可靠之人，朱由检才不得不用他到现在。
但此时不一样的是，范景文等内阁阁臣和史可法一起威逼朱由检的事情让朱由检意识到内臣和外官联合在一起的确是一件很可怕的事情，他是无论如何也不会再让这样的人执掌司礼监。
“朕没有杀你，让你继续去地方为大明之百姓做些事情，已是对你最大的容忍，你也不必再向朕假惺惺地表达什么难舍之情，朕没有勾结外臣威逼朕的内臣，朕也知道你一直没有把自己当成朕的奴婢，你是史可法，是闻名遐迩忠贞不二的史公，既然如此，你就好好利用你自己的声望去为百姓们做些实事，没必要再在朕这里卖弄直名。”
朱由检这么一说，史可法也知道自己已经彻底失去了圣眷，向朱由检行了大礼后便落寞地离开了南京城。
史可法一走，朱由检就召见了兵部右侍郎阮大钺。
通过东厂的密探，朱由检自然已经知道弹劾史可法的事是阮大钺在暗中怂恿，这让朱由检很是兴奋。
因为在他看来，无论是哪个派别的文官都不会希望史可法离开司礼监，毕竟史可法本质上还是一个文官，无论是传统士绅还是江南商业型士绅出身的官员都能很好的和史可法达成默契，从而真正执掌朝政大权。
因而，没有任何官员会指使御史言官弹劾史可法。
但偏偏阮大钺选择了这样做，这让朱由检意识到自己似乎不是不可以达到分裂文官集团的目的，还是有文官官员会为了自己的利益与整个文官集团作对的。
尽管这个愿意站在自己这个皇帝一边并和整个文官集团作对的是一个在历史上被一直说成是一个大奸臣的官员。
朱由检知道阮大钺是何许人物，因为一部《桃花扇》，他被无数文人士子从明末骂到了现在，连着朱由检有时候也不知道该如何评定阮大钺，若不是马士英极力推荐，他甚至一直都会让阮大钺赋闲在家。